Une cystotomie est une ouverture chirurgicale de la vessie. Elle est indiquée principalement pour le retrait de calculs vésicaux ou urétraux, plus rarement pour biopsier un processus tumoral ou retirer un corps étranger et pour la correction d’uretères ectopiques. 

Dans le cadre d'une cystite récidivante par exemple, et après une imagerie (radiographie ou échographie) permettant le diagnostic de calcul urinaire, une cystotomie peut donc être envisagée pour retirer les calculs de la vessie.

L'animal est alors ouvert sur le ventre, la vessie extériorisée et ouverte avant de cureter l'intérieur. Chez le mâle, des calculs peuvent être présent en position urétrale ou près du col, difficilement accessibles par la seule cystotomie. Une urohydropulsion rétrograde (une sonde urinaire est mise en place et du sérum physiologique est poussé sous pression dans l'urètre) doit systématiquement être réalisée. 

Après fermeture de la vessie, une sonde est placée dans l'urètre pour vérifier l'imperméabilité de la suture.